Pokémon Cristallo è l’edizione speciale dei giochi Pokémon di seconda generazione. Introduce alcune caratteristiche divenute in seguito parte integrante di tutti i giochi successivi, tra cui la possibilità di scegliere il personaggio femminile, gli sprite animati e luoghi deputati alle lotte con specifiche regole (come la Torre Lotta).
Pokémon Communication Center
Nella versione giapponese, a Fiordoropoli, il Centro Pokémon è sostituito dal Pokémon Communication Center, il predecessore del Global Trade Station. Un’immagine diffusa dalla Game Freak, mostra che nella fase di sviluppo il PokéCom Center era leggermente differente da quello inserito ufficialmente, infatti erano presenti un piano superiore nella parte in alto a sinistra della mappa e due zone macchina invece che una. L’altra è stata rimpiazzata dall’Angolo Scambi da utilizzare con il Pokémon Mobile System GB.
Personaggio femminile
Oltre al personaggio femminile chiamato Kristy, era previsto un altro personaggio: una ragazza con i capelli neri. Nella versione finale del gioco, questa ragazza non è più presente. Potrebbe essere un prototipo usato provvisoriamente e poi sostituito.
Funzione Mobile eliminata
Nella versione giapponese era possibile combattere e scambiare online usando l’Adattatore GSM. La funzione era prevista anche nelle versioni americane ed europee del gioco, ma fu rimossa perché le connessioni internet tramite cellulare erano troppo lente e poco diffuse rispetto a quelle giapponesi. Tuttavia è possibile accedere ad alcuni menu tradotti usando i codici.
Compatibilità con il Super Game Boy
Nonostante Pokémon Cristallo sia incompatibile con il Game Boy, Game Boy Pocket, Game Boy Light, il Super Game Boy e il Super Game Boy 2, nella programmazione del gioco è presente una cornice per Super Game Boy inutilizzata, attivabile effettuando una modifica nella RAM del gioco. Lo stesso effetto si può ottenere temporaneamente inserendo un codice nel Game Genie. La cornice presente suggerisce che Game Freak abbia usato Pokémon Oro come base per programmare Pokémon Cristallo. Quando un giocatore tenta di giocare a Pokémon Cristallo su un modello di Game Boy precedente al Game Boy Color, viene mostrato il messaggio d’errore “Questo Game Pak è progettato per essere utilizzato solamente su un Game Boy Color”. Nella schermata viene inoltre mostrata la parola Crystal scritta con i caratteri Unown.