In Pokémon Nero 2 e Bianco 2 ci sono alcuni elementi non presenti nella versione finale dei giochi.
Il Percorso 10, ad esempio, non è normalmente accessibile e non è presente nella mappa. Tuttavia fisicamente è presente, ed è raggiungibile solo tramite trucchi. L’accesso alla Via Vittoria però è sigillato da rocce. L’indicatore di posizione del giocatore sulla mappa sarà al centro, ma il gioco riconoscerà il Percorso come esistente, per mantenere la compatibilità con i giochi precedenti.
Nel PWT potevano essere sfidati i protagonisti delle versioni precedenti, Alcide e Anita.
Ci sono sprite con colori alternativi dei nemici dei film Pokéwood, probabilmente si tratta di forme cromatiche.Non è possibile trovarli nelle versioni finali dei giochi. Altre due forme sono presenti per due specifici nemici:
Sono presenti tutti gli Strumenti Base dei giochi di Terza Generazione.
La nebbia doveva essere presente, sin dai giochi precedenti, come una condizione atmosferica vera e propria.
Alcune aree, nel Monte Antipodi e nel Percorso 21, sono inaccessibili.
