In Pokémon Mystery Dungeon: i portali sull’infinito la selezione dei personaggi principali si presenta in modo diverso rispetto ai precedenti capitoli della saga: infatti il Pokémon che verrà impersonato potrà essere selezionato direttamente in una schermata di selezione. Dopo aver scelto il protagonista ci sarà un filmato, e successivamente si sceglierà anche il Pokémon compagno tra i restanti e il soprannome del Pokémon protagonista. Di seguito i Pokémon tra cui scegliere:
| Pokémon | Livello | Tipo | Abilità | Mosse |
|---|---|---|---|---|
 Pikachu |
7 |  |
Statico |
Bruciapelo, Tuonoshock, Ruggito, Colpocoda |
 Snivy |
7 |  |
Erbaiuto |
Azione, Frustata, Fulmisguardo, Inseguimento |
 Tepig |
7 |  |
Aiutofuoco |
Azione, Braciere, Colpocoda, Supplica |
 Oshawott |
7 |  |
Acquaiuto |
Azione, Pistolacqua, Colpocoda, Garanzia |
 Axew |
7 |  |
Rompiforma |
Graffio, Garanzia, Fulmisguardo, Focalenergia |