Come in tutti i giochi Pokémon, anche in Pokémon Rubino e Zaffiro vi è un team malvagio che il giocatore sarà costretto ad affrontare più volte durante la sua avventura.
La particolarità però, è che ve ne sono ben due: Team Magma e Team Idro, rispettivamente affrontabili in Pokémon Rubino e Pokémon Zaffiro.
Bosco Petalo
Qui avviene il primo incontro con uno dei due team: una recluta intenzionata a rubare qualcosa a uno scienziato della Devon Spa. Dopo aver sconfitto la recluta, lo scienziato donerà al giocatore una Megaball per ringraziarlo.
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Recluta Magma/Idro |  Poochyena (Lv. 9) |
Tunnel Menferro
Il secondo incontro, nuovamente una recluta. Ha rapito il Wingull del Sig. Marino come ostaggio per fuggire dopo aver rubato la Merce Devon, e sconfiggendola lo si potrà salvare e recuperare la refurtiva.
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Recluta Magma/Idro | Poochyena (Lv. 11) |
Museo Oceanografico
Questa volta un gran numero di reclute sono presenti, e dopo averne sconfitte due apparirà il loro capo, Max o Ivan a seconda della versione, che avvertirà il giocatore di non intralciare i loro piani più di quanto non abbia già fatto per poi sparire insieme al resto delle reclute.
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Recluta Magma |  Numel (Lv. 15) |
| Recluta Magma |  Zubat (Lv. 14)Numel (Lv. 14) |
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Recluta Idro |  Carvanha (Lv. 15) |
| Recluta Idro | Zubat (Lv. 14)Carvanha (Lv. 14) |
Cascate Meteora
Il Team Magma/Idro, dopo aver ingannato il Prof. Cosmi, ha ottenuto un Meteorite e ha intenzione di portarlo sul Monte Camino per far progredire i loro piani. Per la prima volta appare il team opposto, che fornisce il proprio aiuto al giocatore per fermare l’altro team.
Monte Camino
Varie reclute dei due team stanno lottando fra loro, e il giocatore deve cercare di raggiungere il capo del team Magma/Idro per fermare il loro piano.
Prima di poterlo affrontare però, bisognerà affrontare uno dei loro tenenti.
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Magmatenente Ottavio | Numel (Lv. 20)Poochyena (Lv. 20)Numel (Lv. 20) |
| Capo Magma Max |  Mightyena (Lv. 24) Golbat (Lv. 24) Camerupt (Lv. 25) |
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Idrotenente Alan | Carvanha (Lv. 20)Poochyena (Lv. 20)Carvanha (Lv. 20) |
| Capo Idro Ivan | Mightyena (Lv. 24)Golbat (Lv. 24) Sharpedo (Lv. 25) |
Istituto Meteo
Il Team prenderà il controllo quindi del luogo in questione, cercando informazioni sull’influenza del meteo sui Pokémon. Bisognerà sconfiggere quattro reclute prima di raggiungere un altro dei tenenti per affrontarlo e costringerli ad andarsene.
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Recluta Magma | Numel (Lv. 28) |
| Recluta Magma | Zubat (Lv. 27)Poochyena (Lv. 27) |
| Recluta Magma | Poochyena (Lv. 27)Numel (Lv. 27) |
| Recluta Magma | Poochyena (Lv. 26)Zubat (lv. 26)Numel (Lv. 26) |
| Magmatenente Rossella | Numel (Lv. 28)Mightyena (Lv. 28) |
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Recluta Idro | Carvanha (Lv. 28) |
| Recluta Idro | Zubat (Lv. 27)Poochyena (Lv. 27) |
| Recluta Idro | Poochyena (Lv. 27)Carvanha (Lv. 27) |
| Recluta Idro | Poochyena (Lv. 26)Zubat (lv. 26)Carvanha (Lv. 26) |
| Idrotenente Ada | Carvanha (Lv. 28)Mightyena (Lv. 28) |
Monte Pira
Il Team si recherà qui per rubare una delle due Sfere per poter risvegliare uno dei due Pokémon Leggendari, e il giocatore cercherà di fermarlo. Purtroppo arriverà in ritardo, ma gli sarà consegnata l’altra sfera per evitare che anche quella cada in mani sbagliate.
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Recluta Magma | Zubat (Lv. 30)Zubat (Lv. 30)Zubat (Lv. 30) |
| Recluta Magma | Poochyena (Lv. 31)Numel (Lv. 31) |
| Recluta Magma | Numel (Lv. 31)Numel (Lv. 31) |
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Recluta Idro | Zubat (Lv. 30)Zubat (Lv. 30)Zubat (Lv. 30) |
| Recluta Idro | Poochyena (Lv. 31)Carvanha (Lv. 31) |
| Recluta Idro | Carvanha (Lv. 31)Carvanha (Lv. 31) |
Rifugio Magma/Idro
Il Team ruberà il sottomarino del Capitano Remo, e si dirigeranno verso il loro Rifugio.
Bisognerà quindi infiltrasi per poter fermare i loro piani, ma purtroppo il giocatore sarà fermato da uno dei tenenti che dopo essere stato sconfitto lo avviserà che il Capo del team è già partito col sottomarino verso il luogo dov’è addormentato il Pokémon Leggendario.
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Magmatenente Ottavio | Numel (Lv. 32)Mightyena (Lv. 32)Camerupt (Lv. 32) |
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Idrotenente Alan | Carvanha (Lv. 32)Mightyena (lv. 32)Sharpedo (lv. 32) |
Antro Abissale
Bisognerà quindi raggiungere l’Antro prima che il Leggendario venga risvegliato con successo, fino alla sfida finale contro il capo del team.
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Magmatenente Rossella | Camerupt (Lv. 38)Mightyena (lv. 38) |
| Capo Magma Max | Mightyena (Lv. 41) Crobat (Lv. 41)Camerupt (Lv. 43) |
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Idrotenente Ada | Sharpedo (Lv. 38)Mightyena (lv. 38) |
| Capo Idro Ivan | Mightyena (lv. 41)Crobat (Lv. 41)Sharpedo (lv. 43) |