Articuno, Zapdos e Moltres
| Pokémon | Luogo | Livello | Mosse | Tipo |
|---|---|---|---|---|
 #144 Articuno |
Articuno si trova nelle Isole Spumarine, sul percorso 20. | 50 | Nebbia, Agilità, Leggimente, Geloraggio |   |
| Pokémon | Luogo | Livello | Mosse | Tipo |
|---|---|---|---|---|
 #145 Zapdos |
Zapdos si trova alla Centrale Elettrica sul Percorso | 50 | Tuononda, Agilità, Individua, Perforbecco |  |
| Pokémon | Luogo | Livello | Mosse | Tipo |
|---|---|---|---|---|
 #146 Moltres |
Moltres si trova sul Monte Brace, a nord di Primisola. | 50 | Turbofuoco, Agilità, Resistenza, Lanciafiamme |  |
Mewtwo
Mewtwo si trova nella Grotta Celeste, accessibile solo dopo aver riabilitato la Centralina Network su Primisola.
| Pokémon | Livello | Mosse | Tipo |
|---|---|---|---|
 #150 Metwo |
70 | Comete, Ripresa, Salvaguardia, Psichico |  |
Entei, Raikou e Suicune
Questi tre Pokémon leggendari appaiono casualmente. Se si è scelto il Pokémon Iniziale Bulbasaur, si troverà Entei, se si è scelto Squirtle apparirà Raikou e infine se si è scelto Charmender, Suicune.
| Pokémon | Livello | Mosse | Tipo |
|---|---|---|---|
 #244 Entei |
50 | Braciere, Boato, Turbofuoco, Pestone | |
 #243 Raikou |
50 | Tuonoshock, Boato, Attacco Rapido, Scintilla | |
 #245 Suicune |
50 | Raggiaurora, Raffica, Pioggiadanza, Bollaraggio |  |
Lugia e Ho-oh
Questi due Pokémon Leggendari si trovano sul Monte Cordone. É possibile accedervi solo tramite Eventi Nintendo.
| Pokémon | Livello | Mosse | Tipo |
|---|---|---|---|
 #249 Lugia |
70 | Braciere, Boato, Turbofuoco, Pestone | |
| Pokémon | Livello | Mosse | Tipo |
|---|---|---|---|
 #250 Ho-Oh |
50 | Comete, Giornodisole, Fuocobomba, Ripresa | |
Deoxys
Deoxys si trova sull’Isola Materna, accessibile solo tramite Eventi Nintendo. A seconda delle versioni, esso comparirà nella forma Attacco in Rosso Fuoco e nella forma Difesa in Verde Foglia.
| Pokémon | Livello | Mosse | Tipo |
|---|---|---|---|
 Deoxys (Attacco) |
30 | Troppoforte, Psichico, Inseguimento, Provocazione | |
 Deoxys (Difesa) |
30 | Scippo, Psichico, Punte, Privazione | |