Nel gioco Hey You, Pikachu! sarà possibile affrontare varie missioni, vediamone la lista:
A Pokémon Picnic
In queste missioni che si svolgono a Ochre Woods, il giocatore e Pikachu devono raccogliere degli ingredienti per il pasto di Bulbasaur, e mandarli a lui stesso chiamando Magnemite. Bulbasaur richiede tre ingredienti, ma di uno è necessario averne due, per un totale di quattro ingredienti da dare a Magnemite affinché la missione sia completata. Un uovo di Togepi può esser trovato e schiuso durante le ripetute visite ai due negozi del gioco. Il negozio di Abra è in un luogo che puà essere raggiunto solamente dalla seconda missione di Pokémon Picnic. Le uniche ricompense saranno vedere la reazione di Pikachu ed i suoi amici dovranno servire i vari pasti a Bulbasaur, riuscendo o fallendo.
Caring For Caterpie
In queste missioni che si svolgono nel Bosco Smeraldo (Viridian Forest), il giocatore e Pikachu devono sorvegliare da uno a cinque Caterpie, a seconda di quanti di loro si siano evoluti in Metapod nelle missioni precedenti di Caring For Caterpie. Per completare questo tipo di missioni bisogna far si che Pikachu distragga i Caterpie e dar loro da mangiare le rose fiorite quando sono affamati. Caterpie si evolverà in Metapod dopo averlo nutrito abbastanza volte, e Metapod si evolverà in Butterfree dopo lo scadere del tempo. Alla fine della giornata, Butterfree tornerà e premierà Pikachu con un rubino, una biglia di vetro, un palloncino ed un gioiello colorato.
Field Trip
In queste missioni che si svolgono a Springleaf Field, il giocatore e Pikachu devono solamente divertirsi per un giorno. Pikachu può trovare, conoscere ed innaffiare degli Oddish, Gloom e Vileplume. Charmander può essere visto qualche volta nella prima missione, e Diglett a volte cerca di far inciampare Pikachu nella terza. La seconda missione si svolge in un’area con un negozio di Abra. Solitamente per far evolvere gli Oddish e i Gloom basta innaffiarli, ma c’è un Oddish raro che cresce nel corso del tempo, fin quando è circa dieci volte la grandezza di Pikachu, nella terza missione. Un altro strano fenomeno sono il ravanello strano e quello puzzolente, che a volte vengono scambiati per Oddish e Gloom da Pikachu.
Gone Fishing!
In queste missioni, il giocatore e Pikachu devono andare in tre luoghi e pescare Pokémon nell’acqua. I Pokémon catturati sono di diverse dimensioni, ed ogni luogo di pesca ha differenti Pokémon, inclusi quelli rari come Dratini. Ci sono anche altri Pokémon fuori dall’acqua che guardano Pikachu pescare, anche questi variano a seconda del luogo. Il Professor Oak, una volta che il giocatore andrà via alla fine della giornata, commenterà menzionando che sono presenti Pokémon rari in quel posto. Se Pikachu cattura un grande Pokémon, sarà ricompensato con una bandiera di pesca da portare a casa con lui.
Little Lost Poliwag
In queste missioni che si svolgono ad Olivine Lake, il giocatore e Pikachu devono radunare cinque Poliwag dispersi e riportarli a casa sani e salvi. La prima missione permette al giocatore di incontrare Squirtle, che porterà tutti i Poliwag trovati a casa della madre, e premierà Pikachu con una moneta d’argento, una biglia di vetro, un pallone ed un gioiello colorato. La seconda missione si svolge a casa della madre dei Poliwag, Poliwhirl, e un Haunter dispettoso che può essere allontanato da un attacco elettrico per non far spaventare i Poliwag.
The Piñata Game
Questa missione che si svolge a Cobalt Coast, è costituita da una sola parte, ma può essere rigiocata come le altre missioni. Pikachu è invitato ad un piñata party tenuto da Venusaur e tutti i suoi amici vogliono aiutarlo a colpire la Pokéball contenente i premi. Se Pikachu riesce ad aprire la Pokéball più di una volta, Venusaur lo ricompenserà con l’armonica, che chiama Lapras per traghettare Pikachu e il giocatore fino a Cobalt Island.
Treasure Hunt
In queste missioni che si svolgono a Cobalt Island, il giocatore e Pikachu devono esplorare una piccola isola piena di tesori nascosti. Slowpoke prende il sole su una roccia vicino alla riva e Lapras può essere visto nuotare attorno all’isola, osservando la caccia al tesoro. Gli scrigni che Pikachu può trovare, possono essere aperti leggendo il cartello associato ad essi, e ripetendo l’ordine a Pikachu. Uno dei premi che si possono ottenere da un grande scrigno è la spada giocattolo, che decora la camera dei protagonisti dal ritrovamento in poi.