Gli antagonisti di Pokémon Colosseum sono rappresentati da due squadre malvagie: Team Cripto (anche detto Team Ombra) e Team Clepto. Entrambe alleate, mirano alla creazione di un armata oscura di Pokémon per conquistare il mondo.
Team Cripto
I membri del Team Ombra auspicano la rivoluzione dei Pokémon Malvagi. Per farlo, rendono i Pokémon spietati grazie all’utilizzo di una speciale macchina, cercando di impedirne la purificazione. Il loro piano, infatti, è quello di realizzare il Pokémon Oscuro perfetto, in modo tale che non possa essere curato da nessuno. La mente criminale che comanda i Cripsoldati è Malerio, la cui identità è celata grazie alla carica di sindaco che ricopre a Diamantopoli.
Team Clepto
L’obiettivo di questa squadra è quello di rubare i Pokémon agli allenatori per farli diventare malvagi attraverso degli strumenti particolari chiamati Cleptatrici. Tuttavia, un membro del Team Clepto di nome Luca decide di far saltare il aria il Rifugio Clepto, ribellandosi ai propri compagni e rubando una versione portatile della Cleptatrice. Il loro capo, Helgonza, tenta di sconfiggerlo più volte, fallendo nell’impresa.