Appena un Pokémon Ombra farà la sua comparsa in un incontro, l’amica che accompagna il protagonista durante l’avventura, dotata di poteri speciali, riuscirà a individuarlo. Il giocatore deve indebolire il Pokémon in questione e catturarlo usando le Ball e la Cleptatrice, un macchinario che trasforma le normali sfere in Clepto Ball e sottrae i Pokémon (solo Ombra) agli Allenatori avversari.
Alcuni Pokémon Ombra sono rari e si incontrano poche volte nel corso del gioco, pertanto è consigliabile catturarli subito evitando di mandarli esausti.
Un Pokémon Ombra appena catturato conosce solo la mossa Ombroraffica, che non ha debolezze o resistenze, ma crea un contraccolpo per chi la usa.
Inoltre questo Pokémon possiede, al posto della barra dei punti esperienza, una barra nera che indica il suo livello di malvagità.
L’obiettivo sarà liberare tale barra e per finire andare al Monolitio del Villaggio Sofo per purificare del tutto il cuore del Pokémon.
