Il Sistema di Deposito Pokémon in Pokémon Colosseum non differisce molto dalla versione presente in Pokémon Rubino e Zaffiro.
È possibile depositarvi oggetti e salvare il gioco, di seguito alcune caratteristiche:
– Sono presenti solamente 3 Box, in grado di ospitare 30 Pokémon ciascuno.
– I Pokémon di tipo Ombra sono contrassegnati da un alone viola nello sprite.
– Il deposito e ritiro dei Pokémon funziona allo stesso modo dei giochi della serie principale nella terza generazione
– È possibile cambiare lo sfondo dei Box, come in Rubino e Zaffiro.
