Pokémon Conquest ha un dopo storia davvero molto ampio. Dovo aver completato “The Legend of Ransei“, infatti, sarà possibile giocare ad altri 33 episodi speciali (più alcuni episodi scaricabili tramite wifi) che avranno come protagonisti amici o nemici incontrati già durante l’avventura principale.
Essendo essi separati dalla storia principale, i Pokémon sono resettati sia di livello che di link. Se il guerriero si alleerà nell’episodio speciale, avrà lo stesso Pokémon che aveva nella storia principale, seppur di livello minore.
Lista degli episodi:
| Nome dell’episodio | Guerriero | Difficoltà | Metodo di ottenimento | Scopo |
|---|---|---|---|---|
| Happily Day After | Hideiyoshi | ★★★ | Inizio | Unificare le Nazioni |
| The Burden of Peace. | Ieyasu | ★★ | Inizio | Collezionare 100 Pokémon |
| The Way of the Warrior | Yukimura | ★★★★ | Inizio | Unificare le Nazioni |
| The Joy of Battle | Kenshin | ★★★ | Inizio | Vincere 5 battaglie |
| Pride and Precociousness | Ginchiyo | ★★ | Inizio | Unificare 7 nazioni |
| Tragic Determination | Mitsushide | ★★★ | Inizio | Sconfiggere l’armata di Nobunaga prima del 4 gennaio (tempo del gioco) |
| A Shroud of Darkness | Kotaro | ★★ | Inizio | Unificare 8 nazioni |
| Not Worth Fighting Over…1 | Mitsunari | ★ | Inizio | Unificare 4 nazioni |
| Teaching Them a Lesson | Nene | ★★★ | Completare “Happily Day After. “ | Unificare 8 nazioni |
| The Reluctant Genius | Hanbee | ★★★ | Completare “Happily Day After. “ | Unificare 8 nazioni |
| The Unparalleled Warrior | Tadakatsu | ★★★ | Completare “The Burden of Peace” | Unificare le nazioni disponibili |
| A Ninja amongst Ninjas | Hanzo | ★★★ | Completare “The Burden of Peace” | Unificare 8 nazioni |
| Archenemies | Shingen | ★★★ | Completare “The Way of the Warrior” | Vincere 5 Battaglie |
| Time for Battle! | Kunoichi | ★★★ | Completare “The Way of the Warrior” | Unificare 8 Nazioni |
| Land of Love and Righteousness Kanetsugu | Kanetsugu | ★★★ | Completare “The Joy of Battle” | Unificare le nazioni disponibili |
| Love is a Battlefield | Aya | ★★ | Completare “The Joy of Battle” | Unificare 7 nazioni |
| The Final Gamble | Yoshihiro | ★★★ | Completare “Pride and Precociousness” | Unificare le nazioni disponibili |
| Blowing in the Wind | Muneshige | ★★★ | Completare “Pride and Precociousness” | Unificare le nazioni disponibili |
| Ransei’s Legendary Beauty | No | ★★ | Completare “Tragic Determination” | Unificare 7 nazioni |
| All Grown Up | Gracia | ★★★★ | Completare “Tragic Determination” | Unificare le nazioni disponibili |