La regione di Johto è stata introdotta nella seconda generazione e vi sono ambientati i tre giochi Pokémon Oro, Pokémon Argento e Pokémon Cristallo. Si trova ad ovest rispetto a Kanto, regione con la quale è collegata tramite le Cascate Tohjo, la M/N Acqua e il Supertreno. Sono inoltre molto simili come regioni, Johto presenta infatti territori montuosi a nord e a est, mentre a sud mare.
Città
Borgo Foglianova
La città di partenza del giocatore, qui si trovano il laboratorio del Professor Elm, la sua casa, e la casa del giocatore.
Nel laboratorio si otterrà il primo Pokémon con cui iniziare la propria avventura, e sarà possibile notare il futuro rivale spiare dalla finestra con l’intento di rubare uno dei Pokémon non scelti, il cui tipo sarà avvantaggiato rispetto a quello del giocatore.
Fiorpescopoli
La prima città in cui sono presenti un Centro Pokémon e un Pokémon Market, e in cui un anziano signore si offrirà di fare da guida al giocatore.
Violapoli
Qui si trova la prima Palestra della regione, il cui tipo è Volante con Valerio come Capopalestra. Vi sono inoltre l’Accademia Pokémon di Primo, utile per imparare gli effetti delle varie alterazioni di stato, e la Torre Sprout nella quale sarà possibile ottenere l’MN Flash dopo aver sconfitto vari allenatori.
Azalina
Qui si trova la Palestra di tipo Coleottero, gestita da Raffaello. Qui avviene inoltre il primo incontro col Team Rocket, nel Pozzo Slowpoke. Una volta scacciati sarà possibile farsi creare delle speciali Pokéball utilizzando le Ghicocche ottenibili in vari alberi sparsi per la regione.
Fiordoropoli
Questa città presenta molti luoghi utili o d’interesse per il giocatore. Qui si trova la palestra di tipo Normale, gestita da Chiara, ed è qui che si trova il Supertreno, anche se non sarà possibile usarlo fino a dopo aver sconfitto il Campione e aver effettuato una breve missione secondaria. Dal Fiorista è possibile ottenere un Annaffiatoio dopo la vittoria contro Chiara, utile per affrontare il Sodowoodo che blocca il tragitto e proseguire. Dal Giudice Onomastico è possibile dare un diverso soprannome ai propri Pokémon, e incontrare il creatore del Box Pokémon Bill. È possibile inoltre ottenere una bici nell’apposito negozio o giocare nel Casinò per ottenere gettoni da scambiare per Pokémon o MT. Infine qui si trova la Torre Radio, che verrà attaccata dal Team Rocket.
Amarantopoli
Qui si trova la Palestra di tipo Spettro, gestita da Angelo.Andando nel Teatro di Danza delle Kimono Girls sarà possibile sfidarle. Ognuna di esse possiede una delle evoluzioni di Eevee, e sconfiggendole tutte il direttore premierà il giocatore con la MN Surf.
Qui si trovano inoltre la Torre Bruciata, nella quale è possibile trovare Entei, Raikou e Suicune prima che fuggano per la regione, e la Torre di Latta sulla cui cima è possibile incontrare Ho-Oh tramite l’Ala d’Iride.
Olivinopoli
Qui si trova la Palestra di tipo Acciaio gestita da Jasmine. La prima volta che si visiterà la città la Capopalestra sarà assente, in cima al Faro della città in compagnia di un Ampharos malato. Per poterla sfidare sarà necessario portarle la medicina che richiede per il Pokémon, ottenibile nella città successiva. Nel Bar qui presente è possibile ottenere la MN Forza, mentre al Porto prendere la M/N Acqua per recarsi a Kanto una volta battuto il Campione.
Fiorlisopoli
Qui si trova la Palestra di tipo Lotta gestita da Furio, oltre alla Farmacia Pokémon nella quale ottenere la Pozione Segreta per Jasmine.
Mogania
Qui si trova la Palestra di tipo Ghiaccio gestita da Alfredo. Vi è inoltre un negozio che nasconde uno dei rifugi del Team Rocket, il quale sfrutta onde speciali per forzare l’evoluzione dei Pokémon nelle vicinanze.
Ebanopoli
Qui si trova l’ultima Palestra della regione, quella di tipo Drago gestita da Sandra. Nonostante la sua sconfitta rifiuterà di dare la propria medaglia al giocatore, motivo per il quale sarà necessario recarsi nella Tana del Drago per rispondere a delle domande del Maestro.
Qui si trovano infine l’Eliminamosse e il Ricordamosse, utili rispettivamente per eliminare mosse di un Pokémon o farne ricordare altre.
Luoghi
Torre Sprout
Torre che si dice sia stata costruita usando un Bellsprout di 30 metri come pilastro. Sconfiggendo i vari monaci e raggiungendo la cima si otterrà la MN Flash.
Rovine d’Alpha
Rovine nelle quali si trovano diversi puzzle che se risolti faranno apparire al proprio interno vari Unown
Grotta di Mezzo
Grotta che separa due percorsi, nell’ultimo piano è possibile catturare un Lapras ogni Venerdì.
Pozzo Slowpoke
Qui si incontrerà per la prima volta il Team Rocket, il quale avrà rapito tutti gli Slowpoke della città vicina per tagliar loro le code e rivenderle per soldi.
Bosco di Lecci
Qui si trova il santuario dedicato al leggendario Celebi, il quale è ottenibile tramite un evento esclusivo giapponese tramite la GS Ball.
Inoltre è necessario acciuffare un Farfetch’d fuggito per ottenere la MN Taglio, tenendo presente che il Pokémon andrà nella direzione opposta rispetto al giocatore.
Fattoria Mumu
Fattoria con dei Miltank, di cui uno malato. Curandolo è possibile comprare del Latte Mumu.
Parco Nazionale
Qui si svolge la Gara Pigliamosche, durante la quale bisognerà catturare il Pokémon Coleottero più raro utilizzando un Pokémon a scelta della propria squadra e 20 Parco Ball. La Gara finisce Una volta scaduto il tempo o utilizzate tutte le Parco Ball.
Torre di Latta
Qui è possibile catturare Ho-oh dopo aver ottenuto l’Ala d’Iride.
Torre Bruciata
Qui si troveranno Entei, Raikou e Suicune prima che fuggano per la regione. In passato era conosciuta come Torre d’Ottone, ma 150 anni prima del gioco un fulmine la colpì creando un incendio che la distrusse e da allora fu conosciuta con questo nome.
Isole Vorticose
Isole circondate da vortici che rendono impossibile avvicinarsi senza possedere l’MN Mulinello, Le quattro isole sono collegate fra loro tramite i sotterranei, che costituiscono un intricato labirinto alla fine del quale è possibile evocare Lugia tramite l’Aladargento.
Monte Scodella
Qui si trova il Maestro del Dojo Karate. Sconfiggendolo egli donerà al giocatore un Tyrogue al livello 10.
Lago d’Ira
Lago pieno di Gyarados a causa delle onde emesse dal Team Rocket. Al suo centro vi si trova un Gyarados cromatico, più comunemente conosciuto come Gyarados Rosso.
Rifugio Rocket
Rifugio del Team Rocket nascosto nei sotterranei di un negozio a Mogania, sarà necessario sconfiggere o catturare gli Electrode che alimentano la macchina qui presente per fermare le onde emesse.
Via Gelata
Grotta completamente gelata, per proseguire bisognerà stare attenti ad alcune zone ghiacciate che faranno scivolare il giocatore.
Tana del Drago
Grotta nella quale si trova il Maestro degli Allenatori di tipi Drago, bisognerà rispondere alle sue domande per ricevere la medaglia della città dopo il rifiuto di Sandra. Rispondendo correttamente alle domande donetà al giocatore inoltre un Dratini con Extrarapido.
Via Vittoria
L’ultimo ostacolo prima della Lega Pokémon. In parte è collegata a Kanto.
Altopiano Blu
Situato a Kanto, è a tutti gli effetti la Lega Pokémon di entrambe le regioni.
Cascate Tohjo
Il primo fra i collegamenti fra le due regioni disponibie, sono necessarie tutte e 8 le Medaglie di Johto e le MN Surf e Cascata per atraversarle.
Monte Argento
La sfida finale, questo monte è attraversabile solo dopo aver ottenuto tutte e 16 le Medaglie del gioco, ovvero le 8 di Johto e le 8 di Kanto. Sulla sua cima si trova Rosso, il protagonista dei precedenti giochi Pokémon, pronto a sfidare il giocatore.
Torre Lotta
Struttura presente solo in Pokémon Cristallo, al suo interno il giocatore dovrà scegliere 3 dei propri Pokémon e sfidare 7 allenatori di fila.