In Pokémon Cristallo, come in Pokémon Oro e Pokémon Argento, non è possibile ottenere tutti Pokémon necessari al completamento del Pokédex. Di seguito è presente una lista di Pokémon non ottenibili. La maggior parte sono ottenibili scambiandoli da Pokémon Rosso, Blu, Giallo, Oro e Argento, mentre i restanti sono ottenibili solo tramite evento.
| #N | Pokémon |
|---|---|
| #001 |  Bulbasaur |
| #002 |  Ivysaur |
| #003 |  Venusaur |
| #004 |  Charmander |
| #005 |  Charmeleon |
| #006 |  Charizard |
| #007 |  Squirtle |
| #008 |  Wartortle |
| #009 |  Blastoise |
| #037 |  Vulpix |
| #038 |  Ninetales |
| #056 |  Mankey |
| #057 |  Primeape |
| #138 |  Omanyte |
| #139 |  Omastar |
| #140 |  Kabuto |
| #141 |  Kabutops |
| #144 |  Articuno |
| #145 |  Zapdos |
| #146 |  Moltres |
| #150 |  Mewtwo |
| #151 |  Mew |
| #179 |
Mareep |
| #180 |  Flaaffy |
| #181 |  Ampharos |
| #213 |  Girafarig |
| #223 |  Remoraid |
| #224 |  Octilerry |
| #251 |  Celebi (Ottenibile solo in Giappone) |
