In Pokémon Cristallo vi sono quattro incontri con il team malvagio che, come in passato, è il Team Rocket. Qui di seguito è possibile vedere tutti gli incontri che il protagonista avrà con i nemici.
Pozzo Slowpoke
Il primo incontro con il Team Rocket nel gioco avviene ad Azalina. Arrivati in città si vedrà un signore discutere con un membro del Team Rocket, il cui gruppo cerca di tagliare le code di tutti gli Slowpoke nel Pozzo Slowpoke.
Precipitandosi al Pozzo Slowpoke si incontreranno molte reclute del Team Rocket che cercheranno di ostacolare il protagonista. Dopo averle battute tutte si sfiderà un’ulteriore recluta “capo”.
Pokémon della Recluta del Team Rocket
| Pokémon | Livello |
|---|---|
 Koffing |
14 |
Mogania
Dopo aver sconfitto o catturato il Gyarados Rosso, Lance (uno dei più forti allenatori di Johto e Kanto) chiederà il vostro aiuto per scontrarsi con il Team Rocket, che ha causato un bel po’ di problemi nella regione.
Lance, tornando a Mogania, scopre un passaggio segreto per il nascondiglio del Team Rocket.
Dopo aver sconfitto varie reclute del Team Rocket si raggiungerà Lance, il quale ha trovato una delle due password per aprire la porta bloccata del piano.
Proseguendo vi si dovrà scontrare contro il rivale, che ritiene il personaggio principale troppo debole per combattere contro il Team Rocket.
Una volta battuto nelle vicinanze si troverà una Recluta Rocket “capo”.
Pokémon della Recluta del Team Rocket
| Pokémon | Livello |
|---|---|
Koffing |
22 |
 Zubat |
22 |
 Raticate |
24 |
Una volta sconfitto il Generale si vedrà volare un Murkrow. Seguendolo si raggiungerà una grande porta e, avvicinandosi ad essa, si dovranno sfidare una Generale Rocket.
Pokémon del Generale del Team Rocket
| Pokémon | Livello |
|---|---|
 Arbok |
23 |
 Gloom |
23 |
 Murkorw |
25 |
Sotterranei di Fiordoropoli e Torre Radio
Il Team Rocket comincia a lavorare e a creare problemi ai segnali della Torre Radio di Fiordoropoli cercando di invocare via radio il ritorno del loro capo Giovanni, scomparso tre anni prima.
Bisognerà infiltrarsi nella Torre Radio, travestendosi da Recluta del Team Rocket e raggiungere il quarto piano della Torre per calmare la situazione.
Arrivati al quarto piano si troverà il direttore della Torre Radio. Parlandogli si scoprirà che quest’ultimo è in realtà un generale del Team Rocket.
Bisognerà lottarci contro e, una volta sconfitto, regalerà la Chiave Sotterranei, necessaria per raggiungere il vero direttore in ostaggio del Team Rocket.
Pokémon del Generale del Team Rocket
| Pokémon | Livello |
|---|---|
 Golbat |
36 |
A questo punto bisognerà scendere nei sotterranei della città al fine di liberare il vero direttore e ricevere la Chiave Magnetica che apre tutte le porte della Torre Radio.
Una volta recuperata bisognerà dirigersi nuovamente alla Torre Radio e in essa si sfideranno altri tre generali del Team Rocket.
Pokémon del primo Generale del Team Rocket
| Pokémon | Livello |
|---|---|
Koffing |
30 |
Koffing |
30 |
Koffing |
30 |
Koffing |
30 |
Koffing |
30 |
 Weezing |
32 |
Pokémon del secondo Generale del Team Rocket
| Pokémon | Livello |
|---|---|
Arbok |
32 |
Gloom |
32 |
Murkrow |
35 |
Pokémon del terzo Generale del Team Rocket
| Pokémon | Livello |
|---|---|
 Houndour |
33 |
Koffing |
33 |
 Houndoom |
35 |
Celestopoli
Arrivati alla Centrale Elettrica di Kanto per risolvere i problemi legati alla corrente si verrà a conoscenza di un tipo misterioso che si aggira presso Celestopoli.
Arrivati di fronte la Palestra di Celestopoli si vedrà un tizio sospetto correre uscendo dalla palestra. Arrivati nel Percorso 24, dopo averlo seguito, si potrà lottare contro di lui: si verrà a scoprire che è una recluta del Team Rocket.
Questo membro del Team Rocket annuncerà la fine del Team Rocket.
