Pokémon Link: Battle! è il sequel di Pokémon Link! e, come tale, presenta molte novità per quanto riguarda le meccaniche di gioco:
Combinazioni
In Pokémon Link: Battle! è sufficiente spostare un Pokémon con il pennino per realizzare una combinazione della stessa specie: così facendo i Pokémon allineati scompaiono attaccando l’avversario e riducendone i PS.
Cattura
Una volta che i PS sono scesi a zero grazie agli attacchi sferrati, il Pokémon viene catturato e si può avanzare all’interno della zona.
Nei livelli di Pokémon Link: Battle! si possono affrontare più Pokémon selvatici contemporaneamente, visibili sopra l’area di gioco.
Attacchi
Occasionalmente anche il Pokémon selvatico attacca e intralcia le mosse del giocatore.
Ogni volta che ciò accade, l’energia dell’area di gioco diminuisce e, se questa si esaurisce completamente, la partita finisce.
Il Pokémon Chansey, grazie all’abilità “Ricarica”, può essere utilizzato per limitare i danni dell’avversario.