Pokémon Masters è ambientato nell’isola artificiale di Pasio. Creata appositamente per ospitare il World Pokémon Masters, non ha una propria fauna e di conseguenza Pokémon selvatici da catturare. Ciò che collezioneremo in questo gioco sono le Unità, composte da un Allenatore e un Pokémon che può evolversi o megaevolvere temporaneamente durante una lotta. È possibile trovare gli Allenatori anche in coppia con un altro Pokémon se indossano un Costumax.
Alcune Unità di Pokémon Masters possono essere ottenute durante la Storia, mentre altre dovranno essere evocate utilizzando le Gemme (disponibili anche a pagamento) nella Ricerca Unità accessibile dal Negozio parlando con Tricia.
Ogni Unità ha un potenziale che va da 3 a 5 stelle: quelle con tre stelle possono raggiungere al massimo il Liv. 90, con quattro stelle il Liv. 95 e con cinque il Liv. 100.
Ogni Pokémon ha un ruolo che può essere: Attaccante (Attacco e Attacco Speciale maggiori e PS minori), Aiutante (PS maggiori e mosse che potenziano gli altri Pokémon) e Tecnico (mosse di stato).
Ecco una lista delle Unità attualmente disponibili nel gioco (64 + una versione Costumax):
| # | Personaggio | Pokémon | Potenziale | Ruolo | Ottenimento |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
 Protagonista | Pikachu | ☆☆☆ | Attaccante | Dall’inizio |
| 2 |
 Brock | Onix | ☆☆☆ | Tecnico | Dall’inizio |
| 2 |
 Brock (Costumax) | Tyranitar | ☆☆☆ | Attaccante | Capitolo speciale 1 |
| 3 |
 Misty | Starmie | ☆☆☆ | Aiutante | Dall’inizio |
| 4 |
 Lt. Surge | Voltorb | ☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 5 |
 Erika | Vileplume | ☆☆☆ | Tecnico | Capitolo 4 |
| 6 |
 Blaine | Ponyta | ☆☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 7 |
 Lorelei | Lapras | ☆☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 8 |
 Bruno | Machamp | ☆☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |
| 9 |
 Agatha | Gengar MegaGengar | ☆☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 10 |
 Kristy | Totodile Croconaw Feraligatr | ☆☆☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |
| 11 |
 Raffaelo | Beedrill MegaBeedrill | ☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |
| 12 |
 Chiara | Miltank | ☆☆☆☆ | Tecnico | Dall’inizio Ricerca Unità |
| 13 |
 Alfredo | Seel Dewgong | ☆☆☆ | Attaccante | Capitolo 8 |
| 14 |
 Sandra | Kingdra | ☆☆☆☆ | Attaccante | Capitolo 13 |
| 15 |
 Nina | Ariados | ☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 16 |
 Pino | Xatu | ☆☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 17 |
 Karen | Houndoom MegaHoundoom | ☆☆☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |
| 18 |
 Brendon | Treecko Grovyle Sceptile | ☆☆☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |
| 19 |
 Petra | Nosepass | ☆☆☆ | Aiutante | Ricerca Unità |
| 20 |
 Rudi | Makuhita | ☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 21 |
 Fiammetta | Torkoal | ☆☆☆ | Tecnico | Capitolo 3 |
| 22 |
 Norman | Slaking | ☆☆☆ | Attaccante | Capitolo 7 |
| 23 |
 Alice | Pelipper | ☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 24 |
 Tell | Solrock | ☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |
| 25 |
 Pat | Lunatone | ☆☆☆ | Aiutante | Ricerca Unità |
| 26 |
 Ester | Dusclops | ☆☆☆☆☆ | Aiutante | Ricerca Unità |
| 27 |
 Drake | Salamence | ☆☆☆☆ | Aiutante | Ricerca Unità |
| 28 |
 Savino | Pinsir MegaPinsir | ☆☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |
| 29 |
 Barry | Piplup Prinplup Empoleon | ☆☆☆ | Attaccante | Capitolo 2 |
| 30 |
 Pedro | Cranidos | ☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |
| 31 |
 Gardenia | Roserade | ☆☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |
| 32 |
 Marzia | Meditite | ☆☆☆ | Aiutante | Ricerca Unità |
| 33 |
 Omar | Floatzel | ☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 34 |
 Bianca | Abomasnow | ☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 35 |
 Vulcano | Infernape | ☆☆☆☆ | Attaccante | Capitolo 12 |
| 36 |
 Spino | Bronzong | ☆☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 37 |
 Demetra | Blissey | ☆☆☆ | Aiutante | Ricerca Unità |
| 38 |
 Risetta | Arcanine | ☆☆☆ | Aiutante | Ricerca Unità |
| 39 |
 Rina | Snivy Servine Serperior | ☆☆☆☆☆ | Aiutante | Capitolo 1 |
| 40 |
 Rafan | Palpitoad | ☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 41 |
 Anemone | Swanna | ☆☆☆ | Aiutante | Capitolo 5 |
| 42 |
 Silvestro | Cryogonal | ☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 43 |
 Iris | Haxorus | ☆☆☆ | Attaccante | Capitolo 9 |
| 44 |
 Velia | Whirlipede | ☆☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |
| 45 |
 Ciprian | Carracosta | ☆☆☆ | Aiutante | Ricerca Unità |
| 46 |
 Antemia | Chandelure | ☆☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |
| 47 |
 Marzio | Conkeldurr | ☆☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |
| 48 |
 Lino | Amaura | ☆☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 49 |
 Ornella | Lucario MegaLucario | ☆☆☆ | Attaccante | Capitolo 6 |
| 50 |
 Amur | Weepinbell | ☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 51 |
 Edel | Avalugg | ☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |
| 52 |
 Narciso | Clawitzer | ☆☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |
| 53 |
 Timeus | Aegislash Aegislash Forma Spada | ☆☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 54 |
 Hau | Raichu Forma Alola | ☆☆☆☆ | Attaccante | Capitolo 11 |
| 55 |
 Chrys | Togedemaru | ☆☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 56 |
 Rika | Granbull | ☆☆☆ | Tecnico | Ricerca Unità |
| 57 |
 Alyxia | Lycanroc Forma Notte | ☆☆☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |
| 58 |
 Hapi | Mudsdale | ☆☆☆ | Attaccante | Capitolo 10 |
| 59 |
 Kahili | Toucannon | ☆☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |
| 60 |
 Violetta | Surskit Masquerain | ☆☆☆☆ | Tecnico | Capitolo 14 |
| 61 |
 Augusto | Persian Forma Alola | ☆☆☆☆ | Tecnico | Capitolo 15 |
| 62 |
 Koga | Crobat | ☆☆☆☆ | Tecnico | Capitolo 16 |
| 63 |
 Malpi | Palossand | ☆☆☆☆☆ | Attaccante | Capitolo 17 |
| 64 |
 Komor | Stoutland | ☆☆☆☆☆ | Aiutante | Capitolo 18 |
| 65 |
 Blu | Pidgeot MegaPidgeot | ☆☆☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |
| 66 |
 Cetra | Chikorita Bayleef Meganium | ☆☆☆☆☆ | Aiutante | Ricerca Unità |
| 67 |
 Alcide | Oshawott | ☆☆☆☆☆ | Aiutante | Ricerca Unità |
| 68 |
 Anita | Tepig Pignite Emboar | ☆☆☆☆☆ | Attaccante | Ricerca Unità |