Novità principali / caratteristiche:
In questo gioco il protagonista viene trasformato in un Pokémon (fra una scelta di 16), e deve trovare il modo per invertire il processo. È possibile reclutare tutti i 491 Pokémon rivelati al rilascio (non Shaymin ed Arceus), in un modo o nell’altro (per alcuni bisogna comunque connettere la propria versione a quella opposta). Si possono anche ottenere Uova, che si schiuderanno nel Pokémon presente nel dungeon da cui è stato ottenuto l’Uovo. I dungeon sono lunghi e casuali, cosicché non si debba esplorare sempre lo stesso luogo.
Trama del gioco:
Il giocatore inizierà con un test sulla propria personalità, il cui risultato deciderà il Pokémon che dovrà impersonare nel corso della avventura. Il gioco inizia con tale Pokémon svenuto sulla spiaggia subito accorso da un altro Pokémon, che diventerà il compagno del giocatore, il quale, dopo averlo aiutato ad alzarsi, gli mostra una sorta di tesoro la cui origine è avvolta nel mistero. Il Team Teschio, composto da Koffing e Zubat, tenta di rubare tale tesoro per poterlo rivendere. Tuttavia la nuova squadra composta dal giocatore e il Pokémon aiutante riesce a sconfiggere il team recuperando il misterioso tesoro. Il Pokémon amico ammette la sua timidezza nel cercare di formare una squadra di esplorazione nella Gilda di Wigglytuff, e il giocatore lo aiuta a superare questo problema, fondando una Squadra di Esplorazione.
Dopo le prime e semplici missioni, in cui si viene a conoscere la vita degli aspiranti esploratori nella gilda, vengono affidati compiti più difficili, e la trama si intricherà, fino ad arrivare a compiti per più importanti. Il duo verrà quindi incaricato di catturare Grovyle, che sta abilmente rubando gli Ingranaggi del Tempo, modificando le condizioni di vari paesaggi, bloccandoli come se il tempo non scorresse più. Tale incarico sarà affidato da Dusknoir, misterioso Pokémon la cui identità è celata nel mistero. Essendo benvoluto da tutto il Borgo Tesoro, riesce ad ingannare tutti, compreso il giocatore stesso, che verrà catapultato nel futuro tramite un portale dimensionale. Il giocatore si ritroverà legato in una stanza buia, al fianco del suo amico e di Grovyle. Dusknoir si rivelerà essere l’inviato di Dialga, che vuole in ogni costo fermare il furto degli ingranaggi, catturando Grovyle.
Grovyle riesce a far fuggire i tre dal misterioso luogo, e spiega ai suoi compagni, riluttanti all’idea che l’amato Dusknoir li abbia traditi, che devono ritornare nel passato mediante Celebi, che riesce a condurre tutti e tre nel passato, ovvero il loro presente.
Il giocatore verrà allora a conoscenza della Torre del Tempo, luogo situato nella Terra Nascosta in cui risiede Dialga Oscuro, logorato nell’anima, per poterlo incontrare e battere. Arrivati alla cima di un Dungeon, il gruppo incontra nuovamente Dusknoir, che seppur sconfitto in una battaglia, affiancato dai suoi Sableye, trascina con se Grovyle nel futuro, lasciando gli altri da soli a sconfiggere Dialga. Dopo essere riuscito a batterlo, e aver impedito il crollo della Torre, senza la quale il tempo si sarebbe fermato, il protagonista, venendo a sapere di essere un Pokémon proveniente dal futuro, il quale è stato inevitabilmente alterato, un tempo umano e amico di Grovyle, scompare.
Tuttavia la benevolenza di Dialga, ormai rinsavito, dopo alcuni mesi nel gioco, lo fa riapparire agli occhi stupefatti del compagno, fino a poco prima irrimediabilmente depresso. Così, dopo che tutto è tornato alla normalità riprendono le esplorazioni, e ad un certo punto dell’avventura i protagonisti si imbattono in un esploratore, Scizor, che gli dona l’accesso al Rango Segreto d’esplorazione. La squadra dovrà poi affrontare un lungo capitolo che vedrà protagonisti Darkrai e Cresselia, nel quale cercherà di evitare la distorsione dello spazio. Mediante astuti inganni, Darkrai, apparendo nei sogni dei Pokémon camuffato come Cresselia, farà credere alla squadra di essere inevitabilmente la causa della distruzione del mondo. Allo stesso tempo imbroglia Palkia, Pokémon che controlla lo spazio, persuadendolo ad eliminare i due protagonisti. Grazie all’intervento della vera Cresselia, ognuno si rende conto della vera situazione, e al Cratere Oscuro si svolge la lotta finale contro Darkrai, l’impostore.
Prima di essere sconfitto, Darkrai svela di essere stato lui non solo a tentare di causare la distorsione dello spazio, ma anche quella precedente del tempo, così come lui è il responsabile della trasformazione del protagonista da umano a Pokémon. Infine Palkia riesce a spedire a scacciare Darkrai, il quale, gettato a forza in un tunnel temporale, si presuppone abbia perso completamente la memoria, e non farà più ritorno. Si può dare inizio ora alla caccia ai leggendari dalla prima alla quarta, tranne Arceus, e attraverso il Rango Segreto si potranno recuperare i sette tesori del mondo.