Una caratteristica già presente nello spin-off My Pokémon Ranch e riproposta in Pokémon Mystery Dungeon WiiWare è la possibilità di formare le Torri Pokémon, che consistono nel disporre in senso verticale un massimo di quattro Pokémon per combinarne le mosse e rendere più agevoli i loro spostamenti.
Le Torri Pokémon si possono realizzare mediante delle Fosse che di tanto in tanto appaiono nei Dungeon.
Il giocatore, tuttavia, non è l’unico in grado di usare la modalità in questione: anche i Pokémon selvatici possono sferrare attacchi più potenti unendo le forze! In questo caso è consentito lanciare strumenti verso la Torre nemica per separarne i componenti.