Come per ogni videogioco della serie principale, anche per quanto riguarda Pokémon Versione Oro HeartGold e Pokémon Versione Argento SoulSilver si parla di Pokémon non ottenibili.
Quelli elencati nella tabella sottostante, infatti, sono Pokémon che non appaiono né nella suddetta coppia di videogiochi né in uno dei Percorsi del Pokéwalker a questi abbinato.
Per ottenerli il giocatore deve fare ricorso allo scambio con Pokémon Diamante, Perla e Platino, al trasferimento tramite Parco Amici o a distribuzioni disponibili però solo per un limitato periodo di tempo.
| # | Sprite | Nome | Tipo |
|---|---|---|---|
| #151 |  |
Mew |  |
| #251 |  |
Celebi |  |
| #377 |  |
Regirock |  |
| #378 |  |
Regice |  |
| #379 |  |
Registeel |  |
| #385 |  |
Jirachi | |
| #386 |  |
Deoxys | |
| #387 |  |
Turtwig | |
| #388 |  |
Grotle | |
| #389 |  |
Torterra |  |
| #390 |  |
Chimchar |  |
| #391 |  |
Monferno |  |
| #392 |  |
Infernape | |
| #393 |  |
Piplup |  |
| #394 |  |
Prinplup | |
| #395 |  |
Empoleon | |
| #408 |  |
Cranidos | |
| #409 |  |
Rampardos | |
| #410 |  |
Shieldon | |
| #411 |  |
Bastiodon | |
| #425 |  |
Drifloon |   |
| #426 |  |
Drifblim | |
| #431 |  |
Glameow |  |
| #432 |  |
Purugly | |
| #434 |  |
Stunky |   |
| #435 |  |
Skuntank | |
| #462 |  |
Magnezone |  |
| #470 |  |
Leafeon | |
| #471 |  |
Glaceon | |
| #476 |  |
Probopass | |
| #479 |  |
Rotom | |
| #480 |  |
Uxie | |
| #481 |  |
Mesprit | |
| #482 |  |
Azelf | |
| #485 |  |
Heatran | |
| #486 |  |
Regigigas | |
| #488 |  |
Cresselia | |
| #489 |  |
Phione | |
| #490 |  |
Manaphy | |
| #491 |  |
Darkrai | |
| #492 |  |
Shaymin | |
| #493 |  |
Arceus | |