La Modalità Cattura è il metodo più comune per catturare un Pokémon all’interno del gioco. Vi si può accedere indirizzando la PokéBall verso le tre frecce rosse sulla destra.
Una volta attivata la modalità cattura, bisognerà prima cercare di indirizzare la Pokéball verso Sharpedo o Wailmer (a seconda che si giochi col “Flipper Rubino” o col “Flipper Zaffiro”, successivamente colpire i bumper con la sfera Poké per tre volte, così da “liberare” il Pokémon da catturare.
Quando il Pokémon da catturare appare sul tabellone di gioco, è possibile colpirlo con la PokéBall. Dopo tre colpi, il Pokémon è catturato.