In Pokémon Pinball sono presenti due particolari modalità: modalità cattura e modalità evoluzione.
Modalità Cattura
Per accedere alla modalità cattura, il giocatore deve accendere due o tre luci di cattura, facendo girare la palla in senso antiorario intorno alla tavola, facendola entrare in Bellsprout o Cloyster, che verranno indicati da una freccia. Nel caso in cui ci siano tre luci accese, il giocatore potrà catturare Pokémon differenti rispetto a quando ci sono solo 2 luci.
La modalità Cattura ha una durata di due minuti, segnalati tramite un timer. Allo scadere del tempo, se il giocatore non è riuscito a catturare il Pokémon, ricomincerà la fase normale del gioco.
Il Pokémon tuttavia verrà comunque registrato nel Pokédex.
La modalità attiva in automatico un Salva Palla della durata di 60 secondi, che continuerà ad essere presente nel caso in cui il giocatore riesca a catturare il Pokémon in meno di un minuto. L’attivazione del Salva Palla durante la modalità non farà perdere un altro bonus già attivato, che riprenderà dopo la cattura. Quando la modalità inizia, la silhouette di un Pokémon appare nel mezzo della parte bassa del campo, colpendo Voltorb o Shellder, una parte dell’ombra viene colorata, oltre a ricevere un bonus di 1,000,000 punti. Dopo aver colorato tutte le parti di cui è composta l’immagine, appena la palla torna nella parte bassa de campo, l’immagine del Pokémon inizierà a lampeggiare, per poi trasformarsi in un immagine effettiva del Pokémon. In seguito, bisogna colpire il Pokémon con la palla tre volte per far apparire la scritta “PRENDI” sotto di esso, due lettere alla volta, quindi un’ultima volta per catturarlo definitivamente. Dopo che il giocatore ha catturato il Pokémon, lo può evolvere nella Modalità Evoluzione, e i suoi dati saranno registrati nel Pokédex.
Inoltre si accenderà anche una delle tre Poké Ball presenti sotto l’immagine della zona attuale, che gli permetterà di raggiungere il livello Bonus successivo. La cattura di un Pokémon farà aumentare di un’unità il contatore Pokémon presente in basso a sinistra. Possono essere catturati fino a 255 Pokémon: la cattura del 256° farà resettare il contatore a zero, e svuoterà la lista, tuttavia il giocatore riceverà un bonus di 1,000,000,000 punti.
Modalità Evoluzione
La modalità Evoluzione è accessibile solo se il giocatore ha catturato almeno un Pokémon nella modalità Cattura nella stessa partita. Il giocatore deve accendere tre luci di evoluzione, facendo girare la palla in senso orario intorno alla tavola, facendola entrare in Ditto o Slowpoke. Il giocatore può selezionare uno qualsiasi dei Pokémon da lui catturati nella partita. La modalità Evoluzione ha una durata di due minuti, segnalati tramite un timer, al termine dei quali, se il giocatore non è riuscito ad evolvere il Pokémon, riprenderà la fase normale della partita.
La modalità attiva in automatico un Salva Palla della durata di 60 secondi, che continuerà ad essere presente nel caso in cui il giocatore riesca a catturare il Pokémon in meno di un minuto. L’attivazione del Salva Palla durante la modalità non farà perdere un altro bonus già attivato, che riprenderà dopo la cattura. Quando la modalità inizia, l’immagine del Pokémon selezionato appare nel mezzo della parte bassa del campo, quindi il giocatore deve colpire un Voltorb/Shellder, o uno dei due bottoni del Bonus Moltiplicatore, o uno dei due Diglett, o Psyduck, o Poliwag, tutti quanti segnalati da una freccia lampeggiante. Dopo averne colpito uno, spariranno tutte le frecce, quindi apparirà una pietra evolutiva, un Cavo Game Link o un “ES” in posizioni sparse sulla tavola, a seconda del metodo evolutivo. Dopo aver fatto esperienza in questo modo, riappariranno le frecce, e si potrà colpire uno dei bersagli non colpiti in precedenza, ripetendo il procedimento tre volte in totale. Può capitare che in determinate zone non siano disponibili l’esperienza o gli strumenti: colpire una di queste zone causerà la comparsa del messaggio che il Pokémon è stanco e il giocatore dovrà far girare la palla attorno alla tavola, o aspettare dieci secondi perché riappaiano le frecce. Dopo aver fatto esperienza tre volte, si aprirà la buca sopra all’immagine del Pokémon, e facendo entrare lì la palla, si completa Modalità Evoluzione. Se il Pokémon è già completamente evoluto, allora completare la Modalità Evoluzione farà guadagnare al giocatore 10,000,000 punti bonus.
