Per ottenere il Pokédex Nazionale è necessario battere i Superquattro e conquistare la Lega Pokémon. Una volta fatto, se avrete 150 Pokémon registrati come visti nel vostro Pokédex di Sinnoh (non è quindi necessario che li catturiate tutti), dirigetevi a Sabbiafine dal Prof. Rowan: qui il Prof. Oak vi parlerà ed aggiornerà il vostro Pokédex inserendo quello Nazionale!
Il Pokédex di Sinnoh è composto da 151 Pokémon. L’unico Pokémon non reperibile nel gioco (a meno che non possediate Pokémon Ranger) è il #151 Manaphy.
Per registrare sia Palkia che Dialga è sufficiente dirigersi a Memoride, dove, nella casa sopra la grotta, l’anziana vi parlerà di uno dei due leggendari e vi mostrerà un’immagine di Palkia (se state giocando a Pokémon Diamante) o di Dialga (se state giocando a Pokémon Perla), aggiungendola al vostro Pokédex. Tutto questo è possibile solo dopo aver conquistato la Lega.
Ricevuto il Pokédex Nazionale, si potranno visitare nuovi luoghi nella regione di Sinnoh e si potrà sbloccare il Parco Amici, che permette di trasferire dei Pokémon dai giochi Pokémon Rubino, Zaffiro, Smeraldo, Rosso Fuoco e Verde Foglia.