In Pokémon Puzzle Challenge è possibile incontrare numerosi extra sbloccabili durante il gioco.
Di particolare rilevanza sono le due possibili modalità di gioco di difficoltà superiore alla norma:
- La modalità “Super Hard” è ottenibile grazie a una combinazione di bottoni rivelata alla conclusione della modalità “Challenge“, ovvero premendo “Select” ed “A“.
- La modalità “Intense” è sbloccabile, invece, alla conclusione della modalità “Super Hard“, sempre tramite la combinazione di “Select” e “A“.
Un’ulteriore combinazione di bottoni può essere usata in modalità “Marathon” per usare il potenziamento “Blistering Speed“.
Nel gioco, per sbloccare alcuni Pokémon, bisogna compiere determinate mansioni.
Questi Pokémon sono disponibili nella modalità “Challenge“. In caso di vittoria contro l’allenatore da affrontare al termine della missione, il giocatore otterrà il Pokémon utilizzato nella lotta.
Questi Pokémon sono sbloccabili in modalità “Marathon” e presenti sotto forma di uova Pokémon, che si schiuderanno col passare del tempo.
I ritratti dei Capopalestra di Johto sono, infine, sbloccati alla conclusione dei rispettivi stage nella modalità “Puzzle“.
