Nella modalità giocatore singolo si può scegliere tra:
Marathon
1-2 Giocatori
Livelli di Difficoltà: Facile, Normale, Difficile
La modalità Marathon ha una durata infinita, e la difficoltà influisce sulla velocità di salita blocchi. Una volta scelto il Pokémon, lo scopo della modalità è di ottenere il punteggio più alto possibile; più il punteggio sarà elevato e più la velocità di gioco sarà alta. Nella modalità multigiocatore le Combo ottenute andranno a creare blocchi che intralceranno lo schermo dell’avversario.
Challenge
1 Giocatore
Livelli di Difficoltà: Facile, Normale, Difficile, Super Hard, Intense
In questa modalità si impersonerà Armonio, che, come in Pokémon Oro e Argento, è in viaggio nella regione di Johto per sconfiggere i vari Capipalestra. Per sconfiggere i Capipalestra bisognerà far scendere a zero la barra di vita dei loro Pokémon ottenendo delle combo di 4 o più blocchi, catene o blocchi sorpresa; se invece l’avversario riuscirà a fare delle combo riempirà l’area di gioco con blocchi che dovranno essere toccati da combo per diventare normali blocchi. Ottenendo opportune combo l’altro personaggio proporrà una sfida: sconfiggendolo si potrà utilizzare il suo Pokémon da quel momento in avanti; al contrario, se si perde, non si potrà più usare quel Pokémon per il resto della sfida. A seconda della difficoltà i Capipalestra che appariranno saranno differenti.
Time Zone
1-2 giocatori
Livelli di Difficoltà: Facile, Normale, Difficile
Questa modalità è simile alla Marathon, ma il tempo è limitato: si dovrà infatti cercare di ottenere il punteggio più alto possibile in soli due minuti.
Line Clear
1-2 giocatori
Livelli di Difficoltà: Facile, Normale, Difficile
Il gioco consiste nell’eliminare un determinato numero di righe dall’area di gioco. Sono presenti 5 livelli per ognuno dei Capipalestra di Johto.
Puzzles
1 giocatori
Livelli di Difficoltà: Nessuno
Questa modalità di gioco consiste in oltre 60 puzzles nei quali bisogna eliminare ogni blocco presente nell’area di gioco entro un determinato numero di mosse. Premendo il pulsante B si potrà annullare l’ultima mossa; premendo il pulsante Select, inoltre, potrà essere richiesto al Prof. Oak un indizio sulle prossime mosse da fare, fino ad un massimo di 3 indizi per livello.
Garbage
1 giocatori
Livelli di Difficoltà: Facile, Normale, Difficile
La modalità Garbage è simile alla Marathon, ma andando avanti nel gioco, nell’area del puzzle, cadranno dei blocchi che dovranno essere rimossi. A differenza della modalità Marathon, in Garbage la velocità rimane costante per tutta la durata del livello; come nelle altre modalità, il giocatore perderà facendo arrivare i blocchi nella parte più alta dell’area di gioco.