Al giocatore non sarà dato scegliere il proprio Pokémon compagno. Infatti, esso sarà Plusle (se impersona una ragazza) o Minun (se impersona un ragazzo)
A inizio gioco, al Porto di Autunnia, vi sarà una cassa che si muove: da lì uscirà quello che successivamente diventerà il vostro Pokémon compagno: Plusle/Minun. Poco dopo, il giocatore e Furio, a nord della città, noteranno che un Houndoom sta inseguendo il piccolo Pokémon trovato in precedenza. Toccherà proprio al protagonista catturare il Pokémon infuriato. Una volta catturato, sia Houndoom che Plusle/Minun andranno via.
Dopo aver salvato il Taillow di Larry per la prima missione, Plusle/Minun tornerà ad Autunnia, infastidendo proprio il Pokémon Rondine. A questo punto, bisognerà catturare Taillow: qui il Pokémon Più/Meno aiuterà il giocatore con al propria Poké Tattica, paralizzando l’avversario.
Larry spiegherà che il Pokémon era geloso di Taillow: si scoprirà, quindi, che Plusle/Minun è molto solo. Il Pokémo e il giocatore stabiliranno un legame a livello emozionale e potrà diventare il proprio Pokémon compagno.
Nel gioco è presente anche la controparte del giocatore (Solana se il giocatore è un ragazzo, Lunick se gioca una ragazza) con la controparte Pokémon: il protagonista, quindi, avrà modo di registrare i dati di Plusle e Minun nel navigatore indipendentemente dal personaggio scelto. Ovviamente, però, il Pokémon compagno non può essere cambiato.
