L’Episodio Delta è una novità di Pokémon Rubino Omega e Pokémon Zaffiro Alpha, assente nei giochi di terza generazione anch’essi ambientati a Hoenn.
Tutto inizia dopo essere entrati per la prima volta nella Sala d’Onore: trascorsi i titoli di coda, infatti, un breve filmato ambientato all’Osservatorio del Centro Spaziale di Verdeazzupoli mostra il Professor Cosmi e il resto del personale allarmarsi per il previsto impatto di un meteorite su un’isola del Percorso 131, a sud-ovest di Ceneride.
La scena si sposta alla Torre dei Cieli, dove un misterioso personaggio, in compagnia di un Whismur di nome Siryl, si disfa della sua uniforme, Magma o Idro a seconda della versione di gioco, e pianifica di usare il potere della Pietrachiave per via di un imminente evento.
Albanova
Il giocatore è di nuovo protagonista della storia e, come sempre dopo aver battuto la Lega Pokémon, si ritrova nella sua stanza. Al piano inferiore suo padre, il Capopalestra Norman, gli regala un Biglietto doppio 
per lo spettacolo astronomico del Centro Spaziale di Verdeazzupoli, consigliandogli di invitare Vera/Brendon. Fuori casa si presenta il misterioso personaggio visto nell’introduzione dell’episodio, nonché durante l’avventura principale: si chiama Lyris e, dopo aver commentato le recenti imprese del giocatore, toglie il disturbo. Nella casa affianco, Vera/Brendon racconta di aver cercato di difendersi da una ragazza entrata dalla finestra che ha poi rubato la sua Pietrachiave, e di averla sentita dire che il suo obiettivo sarebbe stato Petalipoli.
Petalipoli
Giunti nella città della prima Palestra per rintracciare Lyris, ci si imbatte in Rossella o Alan, a seconda della versione di gioco, intenta/o a rubare la Pietrachiave a Lino. Non riuscendo nel suo intento, sfida il giocatore accorso in aiuto dell’amico:
Magmatenente Rossella
| Pokémon | Abilità | Mosse |
|---|---|---|
 Camerupt Livello 53 |
Solidroccia |
|
Idrotenente Alan
| Pokémon | Abilità | Mosse |
|---|---|---|
 Sharpedo Livello 53 |
Cartavetro |
|
Il tenente sconfitto fugge quindi verso le Cascate Meteora. Subito dopo il Multi PokéNav riceve una chiamata da Rocco Petri, che chiede di essere raggiunto a Ferrugipoli con urgenza.
Ferrugipoli
Alla Devon SpA, Pierangelo Petri, il padre di Rocco, racconta di come la tecnologia della sua azienda utilizzi una fonte di energia molto diversa da quella della macchina che pose fine alla grande guerra di Kalos, e che questa viene usata dai i razzi del Centro Spaziale di Verdeazzupoli per esplorare lo spazio. La sopravvivenza del mondo, minacciato dalla collisione con un meteorite, è legata all’energia Devon e a un Frammento di meteorite 
. Le ricerche della Devon lo hanno localizzato all’interno della Grotta Pietrosa.
Grotta Pietrosa
Giunti nella Sala con le pitture rupestri, il giocatore trova che Lyris si è impossessata del prezioso strumento. La ragazza è in cerca di una sfida:
Allenatrice Lyris
| Pokémon | Abilità | Mosse |
|---|---|---|
 Tyrantrum Livello 55 |
Ferromascella |
|
 Altaria Livello 55 |
Alternacura |
|
 Salamence Livello 57 |
Prepotenza |
|
Come premio per averla sconfitta, Lyris cede il frammento, dopodiché scompare. Rocco chiama nuovamente al PokéNav e chiede di essere raggiunto a Verdeazzupoli.
Verdeazzupoli
Una volta raggiunto quest’ultimo, salite al piano superiore. Il Prof. Cosmi vi spiegherà i suoi piani per fermare il meteorite, tramite l’utilizzo di energia simile a quella generata durante la megaevoluzione, per teletrasportare il meteorite. Per far funzionare il tutto, però, c’è bisogno di un’altro Frammento di meteorite.
Lyris irromperà nella stanza, spiegando che il piano del Prof. Cosmi non farà altro che ripetere gli errori commessi in passato, e se ne andrà. Il Prof. Cosmi vi dirà che è possibile trovare un altro Frammento di meteorite solo alle Cascate Meteora.
Cascate Meteora
Una volta raggiunte, nella parte più interna troverete Rocco, che dirà di aver trovato il Frammento di Meteorite. Vi presenterà anche una anziana signora, discendente del popolo delle meteore, popolo antichissimo che tramanda di generazione in generazione il segreto della megaevoluzione e di Rayquaza. Lei vi racconterà una storia su quest’ultimo, e vi dirà che l’attuale Custode del Segreto, ovvero l’unica persona in grado di evocare Rayquaza, è una ragazza di nome Lyris.
Ferrugipoli
Dirigetevi alla Devon, dove troverete una Recluta del Team Idro/Magma. Una volta battuta, uno scienziato vi dirà che il Team Idro o Magma, a seconda della versione di gioco, ha rubato il Cavo Link, e che erano diretti a Verdeazzupoli.
Verdeazzupoli
Una volta arrivati a Verdeazzupoli, dirigetevi al Centro Spaziale, dove incontrerete alcune reclute del Team Magma/Idro, che vi sfideranno. Al piano superiore, troverete Rossella o Alan che vi sfiderà, assieme a una recluta.
Magmatenente Rossella
| Pokémon | Abilità | Mosse | Strumento |
|---|---|---|---|
Camerupt Livello 55 |
Solidroccia |
|
Cameruptite |
Idrotenente Alan
| Pokémon | Abilità | Mosse | Strumento |
|---|---|---|---|
Sharpedo Livello 55 |
|
Sharpedite |
Una volta battuto Alan o Rossella, apparirà Lyris, che dopo aver rubato il dispositivo grazie a Syril, il suo Pokémon, lo distruggerà, dicendo che teletrasportando il meteorite esso potrebbe apparire in una Hoenn di un universo parallelo, dove la megaevoluzione non è mai esistita o dove non si possiedono le tecnologie necessarie per fermarlo. Syril ruberà inoltre la Pietrachiave di Rossella o Alan, e Lyris si dirigerà al Rifugio Idro o al Rifugio Magma.
Rifugio del Team Magma/Idro
Dirigetevi anche voi al Rifugio, e nella stanza di Max/Ivan, dove ritroverete Lyris, che ruberà la pietrachiave a Max o Ivan. Lei vi dirà che è diretta alla Torre dei Cieli.
Ceneride
Riceverete un’altra chiamata da Rocco, che vi dirà di dirigervi a Ceneride. Una volta arrivati a Ceneride, andate vicino all’entrata della Grotta dei Tempi, dove troverete Adriano con un anziano. Adriano vi dirà che la Torre dei Cieli è situata su una piccola isola sul Percorso 131.
Percorso 131
Adriano ha rimosso i sigilli che impedivano l’accesso alla grotta che conduce alla Torre dei cieli, tuttavia blocca il passaggio per giudicare con una lotta se il giocatore è all’altezza degli eventi che lo attendono:
Cenerideo Adriano
| Pokémon | Abilità | Mosse |
|---|---|---|
 Wailord Livello 55 |
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 Tentacruel Livello 55 |
|
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 Ludicolo Livello 55 |
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|
 Whiscash Livello 55 |
|
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 Gyarados Livello 55 |
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 Milotic Livello 57 |
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Torre dei Cieli
Con Adriano sconfitto la strada è sgombra e si può raggiungere la torre. Al suo interno attende Lyris, che spiega il significato delle pitture rupestri della Torre.
Migliaia di anni fa, la terra emanava massicce quantità d’energia. ArcheoGroudon e ArcheoKyogre combatterono senza sosta per questa energia. Inoltre, in quel periodo, erano molto frequenti le cadute di meteoriti. Uno di questi colpì la cascata presso cui viveva una tribù che prediligeva Pokémon di tipo Drago. Il meterorite attrasse il Pokémon Rayquaza, che pose fine alla guerra tra ArcheoGroudon e ArcheoKyogre. Alcuni millenni dopo, un altro meteorite precipitò in mare creando la città di Ceneride.
Il Meteorite fratturò la regione di Hoenn, e dalla terra fuoriuscirono grandi quantità di energia. Attratti da questa energia, ArcheoGroudon e ArcheoKyogre si risvegliarono. Gli uomini pregarono per il Pokémon verde apparso millenni prima. Il meteorite si illuminò di luce propria, e Rayquaza discese ancora, ma in una forma diversa. Il Pokémon fermò ArcheoGroudon e ArcheoKyogre, privandoli dei loro poteri primordiali, e Rayquaza tornò in cielo. Il popolo delle meteore eresse una torre in onore al Pokémon.
Una volta arrivati in cima alla torre, Lyris evocherà Rayquaza, ma non riuscirà a megaevolverlo con la sua Pietrachiave. Il vostro Zaino però si illuminerà: è il meteorite che sta reagendo con Rayquaza, che lo ingoierà e sarà in grado di megaevolversi. A questo punto Rayquaza vi sfiderà. Se lo mettete KO, basterà tornare in cima alla Torre dei Cieli.
Rayquaza
| Pokémon | Tipo | Abilità | Mosse |
|---|---|---|---|
 Rayquaza Livello 70 |
  |
Riparo |
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Una volta catturato, Lyris insegnerà a Rayquaza la mossa Ascesa del Drago, necessaria per la megaevoluzione del Pokémon, e poi vi sfiderà.
Custode del segreto Lyris
| Pokémon | Abilità | Mosse | Strumento |
|---|---|---|---|
 Goodra Livello 60 |
Mangiaerba |
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 Noivern Livello 60 |
Intrapasso |
|
|
Altaria Livello 60 |
Alternacura |
|
|
Tyrantrum Livello 60 |
Ferromascella |
|
|
Salamence Livello 62 |
Prepotenza |
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Salamencite |
Una volta battuta, salirete in groppa a Rayquaza, volando nello spazio fino a distruggere il meteorite. Dai resti del corpo celeste, spunterà un triangolo, dietro cui si nasconde il Pokémon Deoxys. Se si fallisse la sua cattura o lo si configgesse per sbaglio, una volta battuta nuovamente la Lega lo si potrà incontrare alla Torre dei Cieli.
Deoxys
| Pokémon | Tipo | Abilità | Mosse |
|---|---|---|---|
 Deoxys Livello 80 |
 |
Pressione |
|
