Come in Pokémon X e Y, anche in Pokémon Rubino Omega e Zaffiro Alpha sono presenti le Orde Pokémon.
Sono gruppi di Pokémon (per essere precisi 5) di un’unica o massimo 2 specie, ed è possibile trovare componenti del gruppo con una abilità segreta.
Le orde si possono trovare casualmente, ma è possibile utilizzare la mossa Profumino o lo strumento Miele per trovarne una.
A differenza dei giochi precedenti, Profumino funziona anche in caso di pioggia.
Ecco la lista delle varie orde per tutti i percorsi di Hoenn:
Percorso 101
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
 Zigzagoon |
Molto comune |
 Poochyena |
Molto raro |
Percorso 102
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Zigzagoon |
Molto comune |
 Ralts |
Molto Raro |
Esclusivi
| Gioco | Pokémon | Rarità |
|---|---|---|
| Pokémon Zaffiro Alpha |  Lotad |
Comune |
| Pokémon Rubino Omega |  Seedot |
Comune |
Percorso 103
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Zigzagoon |
Molto comune |
| Poochyena |
Comune |
 Wingull |
Molto raro |
Percorso 104 (Sud)
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Zigzagoon |
Molto comune |
| Wingull |
Molto raro |
Bosco Petalo
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
 Wurmple |
Molto comune |
| Zigzagoon |
Comune |
 Shroomish |
Molto raro |
Percorso 104(nord)
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Zigzagoon |
Molto comune |
 Taillow |
Molto raro |
Percorso 116
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Zigzagoon |
Molto comune |
 Nincada |
Comune |
 Skitty |
Molto raro |
Tunnel Menferro
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
 Whismur |
Sempre |
Grotta Pietrosa
Piano terra
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
 Zubat |
Molto comune |
 Makuhita (4) +  Geodude (1) |
Comune |
| Makuhita |
Molto raro |
1° Piano
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Zubat |
Molto comune |
 Aron |
Comune |
2° Piano
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Zubat |
Molto comune |
| Aron |
Comune |
Esclusivi
| Gioco | Pokémon | Rarità |
|---|---|---|
| Pokémon Zaffiro Alpha |  Sableye |
Molto raro |
| Pokémon Rubino Omega |  Mawile |
Molto raro |
Percorso 110
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
 Magnemite |
Molto comune |
Esclusivi:
| Gioco | Pokémon | Rarità | ||
|---|---|---|---|---|
| Pokémon Zaffiro Alpha |  Plusle |
Comune | ||
|
Plusle (4) +  Minun (1) |
Molto raro | ||
|
Minun |
Comune | ||
|
Minun (4) + Plusle (1) |
Molto raro |
Percorso 117
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
 Oddish (4) + Zigzagoon (1) |
Molto comune |
 Roselia |
Comune |
 Marill |
Molto raro |
Percorso 112
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
 Numel |
Molto comune |
 Machop |
Comune |
Cammino Ardente:
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Numel |
Molto comune |
 Slugma |
Molto raro |
Esclusivi:
| Gioco | Pokémon | Rarità |
|---|---|---|
| Pokémon Zaffiro Alpha |  Grimer |
Comune |
| Pokémon Rubino Omega |  Koffing |
Comune |
Percorso 113
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
 Spinda |
Molto comune |
 Skarmory |
Comune |
Percorso 114
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
 Swablu |
Molto comune |
Esclusivi
| Gioco | Pokémon | Rarità |
|---|---|---|
| Pokémon Zaffiro Alpha | Lotad (4) + Swablu (1) |
Comune |
| Pokémon Rubino Omega | Seedot (4) + Swabu (1) |
Comune |
Cascate Meteora
Cavità sotteranea -1
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Zubat |
Molto comune |
 Bagon |
Molto raro |
Altre aree
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Zubat |
Sempre |
Percorso 115
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Swablu |
Sempre |
Passo Selvaggio
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Machop |
Molto comune |
 Spoink |
Comune |
Percorso 111 (deserto)
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
 Sandshrew |
Sempre |
Percorso 118
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
 Electrike |
Molto comune |
| Wingull |
Comune |
 Kecleon |
Molto raro |
Percorso 119
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Oddish |
Sempre |
Percorso 120
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Oddish |
Molto comune |
| Marill |
Comune |
| Kecleon |
Molto raro |
Percorso 121
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
 Shuppet |
Molto comune |
| Wingull |
Comune |
| Kecleon |
Molto raro |
Zona Safari
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
 Doduo |
Molto comune |
| Oddish |
Comune |
 Psyduck |
Molto raro |
Percorso 123
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Shuppet |
Molto comune |
| Wingull |
Comune |
| Kecleon |
Molto raro |
Monte Pira
Aree interne
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Shuppet |
Sempre |
Aree esterne
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Shuppet |
Molto comune |
 Meditite |
Comune |
 Vulpix |
Molto raro |
Grotta ondosa
Cavità 1 e 2 con Alta marea
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
 Spheal |
Molto comune |
| Zubat |
Comune |
Cavità 1, 2, 3, 4 con Bassa marea
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Zubat |
Molto comune |
| Spheal |
Comune |
Cavità ghiacciata
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Zubat |
Molto comune |
| Spheal |
Comune |
 Snorunt |
Molto raro |
Ciclanova
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
 Voltrorb |
Molto comune |
| Magnemite |
Comune |
Grottino Solare
Ovunque tranne Piano terra
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Zigzagoon |
Molto comune |
Via Vittoria
Piano terra e 1° piano
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
| Zubat |
Molto comune |
| Aron |
Comune |
 Loudred |
Molto raro |
Torre dei Cieli
| Pokémon | Rarità |
|---|---|
 Golbat |
Molto comune |
 Ariados |
Comune |
| Swablu |
Molto raro |