Come in tutti i giochi Pokémon, anche in Pokémon Zaffiro Alpha e Rubino Omega sono presenti dei Pokémon interagibili.
#100 Voltorb
Sparpagliate per il pavimento di Ciclanova si possono trovare diverse Poké Ball: per la maggior parte si tratta di comuni strumenti, ma quattro sono in realtà dei Voltorb selvatici camuffati!
- Tipo:
- Abilità: Antisuono o Statico
- Strumento: Nessuno
- Livello: 25
- Mosse: Rotolamento, Stridio, Raggioscossa, Comete
#352 Kecleon
Nella storia principale di Pokémon Zaffiro Alpha e Rubino Omega un ostacolo invisibile blocca il protagonista sul ponte a nord del Percorso 120. Il 
Devonscopio regalato da Rocco permette di individuare ciò che blocca la strada: il Pokémon Mutacolore Kecleon. Per poter procedere è necessario catturarlo o sconfiggerlo. Nello stesso percorso se ne possono trovare altri due: uno si nasconde in cima alle scale che conducono al laghetto del Grottino Solare, l’altro a nord-ovest del labirinto di erba altissima. Nel Percorso 119, invece, un altro esemplare blocca una delle passerelle attraversabili con la Bici da cross: per raggiungerlo bisogna risalire la cascata ad est dell’Istituto Meteo, servendosi della MN07.
- Tipo:
- Abilità: Cambiacolore
- Strumento: Nessuno
- Livello: 30
- Mosse: Psicoraggio, Forzantica, Lacerazione, Camuffamento
Dopo aver affrontato Groudon o Kyogre a seconda della versione di gioco, si potrà stanare un ulteriore Kecleon nelle acque delle Sorgenti Termali di Cuordilava.
- Tipo:
- Abilità: Cambiacolore
- Strumento: Nessuno
- Livello: 40
- Mosse: Lacerazione, Camuffamento, Ombrartigli, Stridio
Dopo aver completato l’Episodio Delta, infine, un ultimo Kecleon, dotato di Abilità Nascosta, potrà essere stanato in un curioso nascondiglio all’interno del Centro Spaziale di Verdeazzupoli.
- Tipo:
- Abilità: Mutatipo
- Strumento: Nessuno
- Livello: 45
- Mosse: Camuffamento, Ombrartigli, Stridio, Sostituto
#101 Electrode
Nell’Ufficio di Max all’interno del Rifugio Magma, così come nell’Ufficio di Ivan all’interno del Rifugio Idro, tra una 
Pepita ed una 
Master Ball, si camuffano due Electrode.
- Tipo:
- Abilità: Antisuono o Statico
- Strumento: Nessuno
- Livello: 40
- Mosse: Energisfera, Autodistruzione, Schermoluce, Magnetascesa
#442 Spiritomb
Dopo aver affrontato Groudon o Kyogre a seconda della versione di gioco, ogni volta che si mette piede nella Stanza 4 di Ciclamare ci si sentirà osservati.
Esaminando i dossier della libreria il giocatore può leggere della misteriosa 
Roccianima e, subito dopo, avere di nuovo l’impressione che qualcuno lo osservi.
Se si apre la Borsa o la lista dei Pokémon, per un istante nulla di ciò che accade nella stanza sarà visibile. Alla chiusura del menu la Roccianima sarà comparsa alle spalle del giocatore e questi potrà catturare Spiritomb.
- Tipo:
- Abilità: Pressione
- Strumento:
Palla Fumo - Livello: 50
- Mosse: Sbigoattacco, Congiura, Memento, Neropulsar
