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In Pokémon Shuffle l’obiettivo è allineare Pokémon della stessa specie per farli sparire dall’area di gioco. Con una combinazione di almeno tre Pokémon, si lancerà un attacco per infliggere danni al Pokémon selvatico affrontato. Per superare il livello è necessario ridurre a zero i PS del Pokémon selvatico affrontato usando un certo numero di mosse. Una volta sconfitto, sarà possibile catturarlo e in seguito usarlo come Supporto. Il numero di mosse utilizzate durante il livello influisce sulla probabilità di catturare il Pokémon. In ogni livello si hanno a disposizione un numero limitato di mosse per spostare i Pokémon, ma al contrario di Pokémon Link Battle non c’è limite di tempo, quindi si potrà tranquillamente studiare l’area di gioco. I livelli a disposizione sono più di 150 e la loro difficoltà aumenterà gradualmente mettendo a dura prova le capacità del giocatore. È possibile far salire di livello i Pokémon mandandoli spesso in campo e infliggendo quindi danni maggiori all’avversario. Inoltre alcuni Pokémon potranno megaevolversi e ottenere un’abilità che permetterà di effettuare più combinazioni.