In Pokémon Smeraldo sono stati introdotti dei cambiamenti estetici rispetto a Pokémon Rubino e Zaffiro.
A seguire è presente una lista trattante tutti i cambiamenti estetici avvenuti con Pokémon Smeraldo.
Brendon e Vera
Brendon e Vera in Pokémon Rubino e Zaffiro: 
Brendon e Vera in Pokémon Smeraldo: 
Brendon e Vera in Pokémon Rubino e Zaffiro indossano un vestito di colore rosso e una bandana del medesimo colore.
In Pokémon Smeraldo indossano i medesimi vestiti ma con piccole differenze: il colore della cintura, dello zaino e della bandana sono di color verde, che ricorda la gemma da cui il gioco prende nome.
Pokémon traslocatori
In Pokémon Rubino e Zaffiro: 
In Pokémon Smeraldo: 
In Pokémon Rubino e Zaffiro e in Pokémon Smeraldo il giocatore trascola nella città di Albanova.
Esistono dei Pokémon che hanno il compito di aiutare nei traslochi: in Pokémon Rubino e Zaffiro sono dei Machoke, mentre in Pokémon Smeraldo sono dei Vigoroth.
Poochyena e Zigzagoon
In Pokémon Rubino e Zaffiro: 
In Pokémon Smeraldo: 
All’ inizio della storia il protagonista dovrà andare alla ricerca del Professor Birch.
Si sentiranno le sue grida nel Percorso 101, dato che sarà rincorso da un Pokémon!
In Pokémon Rubino e Zaffiro il Professor Birch viene rincorso da un Poochyena, mentre in Pokémon Smeraldo da un Zigzagoon.
Animazioni dei Pokémon nelle lotte
Animazione in Pokémon Smeraldo: 
In Pokémon Cristallo è stata aggiunta una novità nei giochi della serie principale: l’animazione dei Pokémon nelle lotte!
L’Animazione in Pokémon Smeraldo si può notare quando un Pokémon entra in campo.
Questa componente, assente in Pokémon Rubino e Zaffiro, é stata successivamente reintrodotta in Pokémon Smeraldo con gli sprites di terza generazione.
Palestre Pokémon
Palestra di Verdeazzupoli in Pokémon Rubino e Zaffiro: 
Palestra di Verdeazzupoli in Pokémon Smeraldo: 
Le Palestre Pokémon della regione di Hoenn in Pokémon Smeraldo hanno subito una rivisitazione.
Sono stati aggiunti degli Allenatori rispetto alle palestre di Pokémon Rubino e Zaffiro per svolgere delle lotte in Doppio: in tutte le Palestre Pokémon, ad eccezione della Palestra di Petalipoli, ci saranno degli Allenatori che vi sfideranno in lotte in Doppio.
È stato inoltre modificato il design di alcune Palestre Pokémon. Ad esempio nella Palestra di Verdeazzupoli è stato modificato l’enigma da superare per arrivare di fronte ai Capipalestra.
Tutte le Palestre hanno ora il proprio Simbolo, riportato anche sulle Medaglie, posto sulla parete alle spalle del Capopalestra.
Sala del Campione
Sala del Campione in Pokémon Rubino e Zaffiro: 
Sala del Campione in Pokémon Smeraldo: 
In Pokémon Smeraldo vi è un cambiamento riguardante il colore della Sala del Campione.
In Pokémon Rubino e Zaffiro era di un viola leggermente sfocato, mentre in Pokémon Smeraldo è di colore Blu intenso.
Percorso 101
Percorso 101 in Pokémon Rubino e Zaffiro: 
Percorso 101 in Pokémon Smeraldo: 
In Pokémon Rubino, Zaffiro e Smeraldo il Percorso 101 è inizialmente bloccato da un personaggio.
In Pokémon Rubino e Zaffiro è un personaggio maschile, mentre in Pokémon Smeraldo si tratta di un personaggio femminile.
Pokémon leggendari
Scena animata Rayquaza: 
Simboli braille dei Regi: 
Prima di iniziare una lotta contro un Pokémon leggendario, a differenza di Pokémon Rubino e Zaffiro, è possibile notare una piccola scena animata; questa scena include la comparsa sullo schermo dei motivi caratteristici del corpo per quanto riguarda i Pokémon Groudon, Kyogre e Rayquaza, mentre per i Pokémon Regirock, Registeel e Regice sarà possibile osservare l’apparizione dei simboli braille che contraddistingue gli occhi dei tre golem.