In Pokémon Stadium 2 continua la tradizione cominciata con il predecessore e, infatti, ci saranno molte aree da esplorare e diverse modalità di gioco collegate con esse, alcune di queste modalità richiedono anche un gioco per Game Boy come Pokémon Rosso, Pokémon Blu, Pokémon Giallo, Pokémon Argento, Pokémon Oro o Pokémon Cristallo.
Battle Now!
Gioco per Game Boy richiesto: No
Salvataggio al Centro Pokémon: No
Numero di giocatori: 1-2
Cambiamenti nel Round 2: Sì
Nella modalità di gioco Battle Now! i giocatori dovranno combattere con sei Pokémon casuali in una lotta 3 vs 3. Nel primo round i Pokémon non saranno completamente evoluti e saranno al livello 40. Nel secondo, invece, saranno completamente evoluti e saranno al livello 70.
Lotta Evento
Gioco per Game Boy richiesto: Sì
Salvataggio al Centro Pokémon: No
Numero di giocatori: 2
Cambiamenti nel Round 2: No
Questa modalità è la più rapida per combattere contro un proprio compagno. Entrambi i giocatori avranno bisogno di un Game Boy collegato alla console attraverso il Transfer Pak. È possibile giocare questa modalità anche personalizzando le regole della lotta.
Dono Segreto
Gioco per Game Boy richiesto: Sì
Salvataggio al Centro Pokémon: No
Numero di giocatori: 1
Cambiamenti nel Round 2: No
In questa modalità il giocatore riceverà un regalo sulla propria copia di gioco per Game Boy collegandolo a Pokémon Stadium 2. L’oggetto può essere uno strumento che può essere oppure una decorazione rara per la stanza.
Mobile Stadium
Gioco per Game Boy richiesto: Sì
Salvataggio al Centro Pokémon: Sì
Numero di giocatori: 1
Cambiamenti nel Round 2: No
Questa modalità è disponibile solo nella versione giapponese del gioco. Attraverso questa modalità è possibile registrare e guardare sulla propria copia di gioco di Pokémon Cristallo una lotta con la grafica in 3D invece che con la classica grafica dei giochi per Game Boy Color.
Stadium
Gioco per Game Boy richiesto: No
Salvataggio al Centro Pokémon: No
Numero di giocatori: 1
Cambiamenti nel Round 2: Sì
Questa è la modalità principale del gioco e si compone di quattro differenti coppe ognuna con diverse regole. Le coppe sono le seguenti:
- Micro Coppa: i Pokémon saranno tutti al livello 5
- Coppa Sfidanti: i Pokémon saranno tutti con un livello casuale
- Poké Coppa: i Pokémon saranno ad un livello tra il 50 e il 55
- Coppa Campioni: i Pokémon potranno essere a qualsiasi livello
Rocca Capopalestra
Gioco per Game Boy richiesto: No
Salvataggio al Centro Pokémon: No
Numero di giocatori: 1
Cambiamenti nel Round 2: Sì
In questa modalità il giocatore potrà affrontare i Capipalestra della regione di Kanto e della regione di Johto. Una volta battuti tutti quelli di Johto potranno essere sfidati i Superquattro.
Lotte Libere
Gioco per Game Boy richiesto: No
Salvataggio al Pokémon Center: No
Numero di giocatori: 1-4
Cambiamenti nel Round 2: No
I giocatori potranno giocare tra di loro o contro il computer ed è anche possibile giocare in coppia contro di esso. Questa modalità può essere giocata utilizzando qualsiasi regola.
Minigiochi
Gioco per Game Boy richiesto: No
Salvataggio al Pokémon Center: No
Numero di giocatori: 1-4
Cambiamenti nel Round 2: No
Questa modalità consiste nel svolgere dodici minigiochi che potranno essere giocati contro il computer o contro altri giocatori.
Accademia Pokémon
Gioco per Game Boy richiesto: No
Salvataggio al Pokémon Center: No
Numero di giocatori: 1
Cambiamenti nel Round 2: No
Nell’accademia Pokémon di Giovanni si potranno imparare diverse meccaniche delle lotte incluse strategie. È possibile anche consultare un database con i dati di ogni Pokémon.
Game Boy Tower
Gioco per Game Boy richiesto: Sì
Salvataggio al Pokémon Center: No
Numero di giocatori: 1
Cambiamenti nel Round 2: No
In questa modalità è possibile giocare i titoli per Game Boy su uno schermo televisivo collegando la console portatile attraverso l’Expansion Pak. Come nel primo titolo della serie, Doduo e Dodrio riceveranno un potenziamento della velocità rispettivamente del doppio e del triplo per i giochi di seconda generazione e del doppio e del quadruplo per i giochi di prima generazione.
La mia stanza
Gioco per Game Boy richiesto: Sì
Salvataggio al Pokémon Center: No
Numero di giocatori: 1
Cambiamenti nel Round 2: No
In questa modalità il giocatore potrà vedere la propria camera di Pokémon Argento, Pokémon Oro o Pokémon Cristallo in 3D.
Laboratorio
Gioco per Game Boy richiesto: Sì
Salvataggio al Pokémon Center: No
Numero di giocatori: 1
Cambiamenti nel Round 2: No
In questa modalità il giocatore entrerà nel laboratorio del Professor Oak e potrà compiere diverse azioni come aggiornare il gioco, scambiare Pokémon con altri giochi, usare il Pokédex in 3D e guardare le mappe di Johto e Kanto in 3D, depositare e ritirare strumenti dal PC.
VS Rivale
Gioco per Game Boy richiesto: No
Salvataggio al Pokémon Center: No
Numero di giocatori: 1
Cambiamenti nel Round 2: Sì
Questa modalità viene sbloccata dopo aver completato la modalità Stadium e dopo aver battuto i Capipalestra. In questa modalità potrà essere sconfitto il rivale, dopo averlo fatto verrà sbloccata la modalità “Round 2” che apporterà modifiche a tutto il gioco.
Round 2
Questa modalità si sblocca dopo aver battuto il rivale. Tutte le altre modalità subiranno delle modifiche sul livello dei Pokémon da affrontare.