Missioni
Le missioni verranno trovare all’interno dell’Intersfera, un gadget di tutti i membri del Gruppo Investigativo Pokémon (GIP). Quando un Pokémon avrà bisogno d’aiuto sarà visibile dall’Intersfera stessa
Metodo di reclutamento
Il metodo di reclutamento cambia totalmente rispetto ai vecchi titoli Mystery Dungeon: non si recluteranno più casualmente Pokémon sconfitti all’interno dei dungeon, bensì i committenti delle missioni. Questi, inoltre, potranno presentare al leader i propri amici, e anche essi entreranno nel team come nuove reclute. All’interno dei dungeon, tuttavia, sarà possibile trovare dei Pokémon viadanti: parlandogli, anche loro potranno essere reclutati. Infine, talvolta entreranno in squadra alcuni Pokémon semplicemente chiacchierando con loro all’interno del Caffè Giramondo o in giro per le città.
Talvolta, nei dungeon potranno essere trovati dei Pokémon in viaggio. Arrivati nel piano in cui è presente tale Pokémon, il giocatore sarà avvisato della sua presenza. Trovandolo, il Pokémon in viaggio ripristinerà PS e PP di tutta la squadra e riempirà la pancia di tutti i membri. Inoltre, il Pokémon entrerà nella propria squadra.
Tali Pokémon potranno essere trovati all’interno del piano come esausti. Basterà dar loro una Mela per farli rinsavire e reclutarli nel proprio team.
Inoltre, alcuni Pokémon potranno essere catturati sconfiggendoli prima che raggiungano le scale. Anche questi Pokémon compariranno avvisando il giocatore soltanto una volta raggiunto il piano. Essi saranno difficili da sconfiggere, in quanto avranno una velocità maggiore rispetto al giocatore. Se verranno sconfitti prima di riuscire a fuggire, questi Pokémon entreranno nel proprio team.
Mosse in Sincronia
All’interno dei dungeon potranno essere utilizzate le Mosse in Sincronia. Ogni Pokémon del team, infatti, potrà utilizzare una mossa a scelta del giocatore. Tutte e tre le mosse attaccheranno contemporaneamente. Per scegliere quale mossa verrà usata, basta premere leggermente il tasto R. Il giocatore dovrà scegliere, quindi, la mossa di ogni Pokémon in modo da salvare il set di Mosse in Sincronia. Per poter usare questa funzionalità è necessario che il leader sia di fronte al nemico. A quel punto basterà premere L + R, toccare sull’icona del touch screen e attaccare.
Cambio della squadra
Sin da subito sarà possibile cambiare la squadra che esplorerà il dungeon. Non necessariamente, infatti, il dungeon dovrà essere esplorato dal giocatore e la compagna, ma potrà essere scelta una squadra tutta nuova. Quasi tutti i Pokémon, a seguito di una missione, si riposeranno e non potranno essere portati in squadra per la missione successiva (i Pokémon a riposo avranno come immagine una saracinesca chiusa). Il tempo di riposo varia da Pokémon a Pokémon.
Tutti i Pokémon della squadra, anche se non andranno in missione, riceveranno Punti Esperienza.
Pokémon entusiasti
Talvolta, tre Pokémon della squadra saranno entusiasti. Questi Pokémon, se portati in missione, riceveranno il triplo dei Punti Esperienza. Se tutti e tre i Pokémon saranno portati in missione, tutti i Pokémon del team (anche quelli non in missione) riceveranno il triplo dei Punti Esperienza.
Megaevoluzione
Grazie ad un particolare Litos, il Litos Supercarica, i Pokémon che ne hanno la possibilità potranno megaevolvere. Con la Megaevoluzione il Pokémon diventa più forte e potrà distruggere le pareti.
