Nonostante Pokémon XD: Tempesta Oscura sia un videogioco che fa parte della terza generazione, sono presenti ben due Pokémon che appartengono alla quarta generazione. Michele, il protagonista, infatti incontrerà durante la sua avventura Munchlax e Bonsly.
Munchlax
Il Munchlax incontrato da Michele è quello di un’allenatrice di Porto Pontipoli. Questo Pokémon è parecchio dispettoso dato che spesso mangia i Poké Snack lasciati per gli altri Pokémon. Quando succede questo la sua allenatrice si scuserà con il protagonista e gli donerà 10 Poké Snack per ognuno di quelli mangiati dal suo Pokémon.
Bonsly
Il Bonsly che incontrerà il protagonista sarà di un’allenatrice che si trova alla Stazione di trasmissione di notizie di Auros (ONBS). Purtroppo, durante l’attacco iniziale alla M/N Libra, il Pokémon viene perso e sarà compito di Michele riportarlo alla sua legittima allenatrice andando a visitare il relitto della nave.
Riportando il Pokémon nell’ufficio di Nett alla Stazione, il giocatore riceverà in regalo un Carta Bonsly per il Bingo Lotta.
La prima volta si utilizzerà proprio Bonsly che conosce soltanto la mossa Frana. Completando la carta la prima volta, il giocatore riceverà una foto di del piccolo Pokémon.